丸剂在生产过程中原料药带菌是污染的主要环节，应采取适当的方法进行灭菌，常用方法有水洗法、气体灭菌法、热压灭菌法等，灭菌不应破坏药物的有效成分。
全自动水丸机等制丸工具、设备、生产环境及个人均应注意清洁卫生，以提高丸剂的质量。
丸剂干燥时应注意经常翻动。以免干湿掺半或爆裂，影响质量。采取不同的方法。含芳香性药物或贵重药物的丸剂。
水丸机制丸药材研粉，有时不宜共研，如贵重类、粉末类及挥发性药物应分别研细，再行称准混合，以防止与原定分量之差异。粘合剂与药物细粉混合应按一定比例进行。
全自动水丸机制丸时，粘合剂与药粉混合应充分均匀，粘合剂温度不宜过高，尤其组方中含有挥发性或遇热易破坏有效成分的药物时，更须注意，以免影响药效。
丸剂贮存应根据药物性质。多用瓷制或玻璃制的容器贮存，一般丸剂可用蜡纸封存。应注意防潮、防霉、防虫蛀。水丸、糊丸及浓缩丸均不宜久贮。
如果需要制造的的药丸中含有丰富的纤维，药丸的表面容易出现粗糙现象，如果在制作药丸的药料是放入的药粉过粗；对丸子外观要求较高的，可放入足够的蜂蜡，也就是润滑剂。制作的药料中含有矿物质、贝壳类的药物，并且是过量了，那么一样会导致药丸子表面粗糙。
在拌料时注意所舔加水（蜂蜜）量，水量过多制出药丸过稀容易变形，水（蜂蜜）量过少药丸没有粘性，所以加水量也取决制作出的药丸是否美观。具体操作方法如下：
1.将药物晒干后，粉碎加工成粉末，细度为80-100目。熟地等药物，可采用绞肉机绞挤方法，反复多次即可达到泥桨状物料。
2.药粉、蜂蜜、少量的糊精（药面与蜂蜜的比例为10∶1），搅拌成面团状。值得注意的是，药粉搅拌的粘性要适中，不能太软或太硬，要搅拌得均匀不粘手。
3.糊精必须加水熬成糊状，熬制时必须用勺子不停的搅拌。
4.使用过程中严禁在出丸轴上加食用油，否则药丸粘刀不容易脱落。
